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Geleitet wird die Geschäftsstelle seit 1995 vom Generalsekretär Dr. Gerhard Teufel. Seine Stellvertreterin ist Dr. Sibylle Kalmbach. Die Arbeit der Geschäftsstelle ist auf sechs Teams verteilt. Bei der Auswahl, bei der Programmgestaltung und bei besonderen Projekten arbeiten Mitarbeiter verschiedener oder aller Teams zusammen. Rund 100 fest angestellten Mitarbeitern (davon mehr als ein Drittel wissenschaftliche Referenten) stehen gut 2.500 Ehrenamtliche gegenüber, die sich als Vertrauensdozenten, Auswahlkommissionsmitglieder oder Dozenten (z. B. auf Sommerakademien) engagieren.
Hauptsitz der Geschäftsstelle ist Bonn. 2002 hat die Studienstiftung gemeinsam mit der Hochschulrektorenkonferenz einen Neubau im Bonner Wissenschaftsviertel bezogen. Zusätzlich wurde 2002 ein Büro im Zentrum Berlins eröffnet, das auch das "Studienkolleg zu Berlin" beherbergt.
Alle Mitarbeiterinnen und Mitarbeiter sind fest in die Betreuung der Stipendiaten eingebunden. Die Referentinnen und Referenten sind jeweils für einige Hochschulen und Fachhochschulen zuständig und lernen "ihre" Stipendiaten bei Sprechstunden und örtlichen Stipendiatentreffen kennen. Der rege und langjährige persönliche Austausch macht den Kern unserer individuellen Förderung aus: kritisch zuhören und hinterfragen, neue Perspektiven eröffnen und zu ungewöhnlichen Wegen ermutigen. Unterstützung finden die Referenten vor allem in der engen Zusammenarbeit mit den Vertrauensdozenten, die ihre Stipendiaten gut kennen.